##### SISG 2017 Brisbane Module 10
# Prac testing#############
# Naomi Wray
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# set to your own directory 
# (in Rstudio - at top Session > Set Working Directory > To Source File Location)
setwd("~/Documents/Naomi/Teaching/SISG/2017Brisbane/PractTest")

##########  FILES #####################################
#   SNP ln(OR) from a "Discovery" GWAS: Discovery_PLT_1   
##  Target sample for profile scoring #################
# target.bed  target.bim  target.fam

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##  Create profile scores in plink  ###################
# Use the system() command in R to submit to terminal

scoring_command<-sprintf("./plink --bfile target --score Discovery_PLT_1.txt --out scores --noweb", 1,1)
system(scoring_command)
#Does this run OK
######################################################

#libraries needed
install.packages('manipulate')  #only if you use Rstudio
install.packages("sm")
install.packages('fmsb')
install.packages('pROC')
install.packages("PredictABEL")